孙应鳌逝世16年后,贵州巡抚郭子章因敬仰其名,为褒其德,上奏追谥。万历三十年(1602) 皇帝下诏,赐祭葬,赠太子太保,谥“文恭”。同年,郭子章在孙应鳌故里建文恭公祠,并作碑记。
孙文恭公祠在凯里市城西北37公里的炉山镇城北门,2006年经贵州省人民政府批准,将孙应鳌墓与孙文恭公祠合为一个省级重点文物保护单位。